接在北京滅亡後的諸神滅亡承襲了前作故事劇情懸疑感，繼續帶領讀者在未來與過去間遊走。
在未來的部分，劇情從女主角莎也加到蘇，再傳遞到法地瑪，持續使用女角作為主軸，平衡故事中的性別比例，同時推測了在未來有AI輔助的情況下，女性在成長上似乎可以完全比男性更為優秀突出；相反地，正思則是繼續在天啓年找尋回到未來的方式。
然而幾次正思與明月的對話都是耐人尋味，既然過去已經不存在了，為何我們還能夠回去？正思既然能夠回到過去，是否就證實了過去、現在跟未來一直同步在進行，從未停止過呢？如此，笛卡爾所提出的我思故我在可以擴大解讀呢？
上述疑問出現後，究竟主角要如何利用上述發現解決人類滅亡的困境，一切都在最後一部曲中，令人值得期待。
