溝口的父親因為肺疾己病入膏肓, 趁著自己還能行動時, 帶著天生口吃的溝口到金閣寺, 將他託付給他的故友- 金閣寺的住持。
溝口的父親告訴他,世界上沒有比金閣寺更美的東西。第一次看到金閣寺的溝口變換各種角度, 也側著頭眺望, 心裡卻引不起任何感動。然而在回家之後，金閣寺的美漸漸在主角的心中漸漸復甦。在寫給父親的信中，他說道: 父親您曾說人世上最美的景物是金閣寺，所言甚是。
在父親過世後，溝口依照父親的遺言，成了金閣寺的弟子，跟隨住持修行。住在金閣寺裡， 主角對於金閣寺的存在還是常常覺得難以置信。甚至會自言自語問金閣寺，既然世上沒有其他事物比得過你的美，請告訴我，你為何會如此美麗？又為何必須維持著美貎？
在二次世界大戰的背景下，主角在之前從不曾將金閣寺和空襲聯想在一起。但一旦有了”金閣寺終究會毁於空襲戰火也說不定”的想法之後，金閣寺再度增添了不少悲劇性的美。天生的口吃在溝口和外界間設下了一道障礙，而金閣的美在溝口和這個疏離他的世界之間架起了一座橋。”燒死我的火焰，必定也會燒毁金閣寺” 的這個想法幾乎讓他陶醉。注定死在相同的災難，一樣不吉利的火焰中, 金閣寺和他所處的世界變成了同一個次元。那時候到戰争結束的一年間，是溝口和金閣寺最親近，以及最沈溺在金閣之美的時期。如果金閣寺沒有遭遇空襲危險，那麼主角覺得他會失去生存意義，他所居住的世界也將分崩離析。
可是等啊等，京都始終沒有遭到空襲。戰爭結束了，在工廠裡聽人宣讀停戰詔書時，溝口想的正是金閣寺。從今天起，他就感到”他們”的關係己然生變，金閣和他分別站在兩側面對彼此 – “金閣與我斷絕了關係, 我和金閣住在同一個世界的夢想破裂了, 我和美分隔兩地”。
之後金閣寺便常常出來干擾他。在溝口有機會與女性有肌膚之親的機會時，金閣寺就出現了，讓他無法人道。”我終於將手滑向女子衣物下擺。就在此時，金閣出現了。金閣阻擋在我和我心之所往的人生間; 起初像一幅工筆畫般小巧，漸漸變大; 它淹沒了環繞我的世界的每個角落，大小正好填滿我的世界。既然金閣拒絕了女孩，代表我的人生也拒絕了她。就在此時此刻，美恆久不變的存在，無疑正阻礙我們的人生。”。 “女人敝開領口,掏出左邊的乳房，展示在我面前。此時，金閣寺又出現了。應該說乳房變成了金閣寺。我彷彿暫時麻痺了，面對著她裸露的乳房坐了下來..我又再次遇見了將乳房收回懷裡的女人冰冷至極的輕蔑眼神。但回寺廟後，我的心漸漸冷卻，一股莫名的憎恨湧上心頭。我又再次與人生隔離了，又一次! 金閣寺為什麼要將我和人生隔離呢? 我有生以來第一次以幾近詛咒的口吻對金閣寺瘋狂嘶吼，總有一天我一定會掌控你，讓你沒有機會來妨礙我!”
發生的這些，與後來跟住持的磨擦使得溝口開始想要逃離金閣寺。甚至跟他的同學對美產生激烈的辨論, 他對他的同學說:”對我來說美是怨敵”。在一次的離寺出走到了海邊，面對著波濤，他覺得心滿意足，覺得再也沒有任何事物威脅得了他。他突然泛起一個念頭: “我必須燒了金閣寺”。這個念頭越來越強，最後終於縱火燒了金閣寺。
我以前的學校，在系館到圖書館的路上有一段路種了一排櫻花。春天的時候櫻花開滿了整棵樹。當風吹過來的時候, 小小的花瓣從樹上落下來，形成一片花雨。淡淡的粉紅色的花雨，加上蔚藍的天空跟綠綠的草地看起來真的很美。我的同學告訴我櫻花是日本的國花，它會在最美的時候落下來。這樣的國花成了形塑日本文化的一股力量 ，尤其是最高的價值 - 武士道精神，如同無法完成使命的武士寧願選擇光榮的死亡一樣。
金閣寺這本小說像是戰後日本的寫照。溝口對於美的追求到幻滅, 由戰敗的絕望到毁滅的昇華, 溝口燒毁了金閣，防彿是把金閣作為祭品，祭奠失落的武士道精神。二戰結束後，戰敗的日本社會面臨各種外來因素的侵入，美國的控制帶來民主的改革，天皇的神格地位遭到否定。和平主義取代了軍國主義。天皇的致高無上, 傳統的軍國主義，這些日本民族認同的根基就此動搖了。無數像溝口一樣熱情幻想的年輕人，失去了未來的方向和目標。這時作為一個理想化的象徵的金閣寺也失去了意義。投降的天皇跌落神壇，戰敗的陰影籠罩帝國大地，失去了傳統精神的依託，又無法在戰爭中與金閣寺同滅亡。溝口，只有通過親手摧毁來實現悲壯的武士道精神，一個無法完成使命的武士只能死亡, 金閣寺，也必須被摧毀。
溝口一步步走向墮落的到縱火的過程，其實是三島由紀夫對戰後日本社會精神危機的痛心吶喊與渴望。日本戰敗那年，是三島由紀夫生命中最傷痛的一年。他在精神上感到的迷茫和絕望, 正如溝口所經歷的。三島最後在45 歳時與幾位朋友衝入了自衛隊總部，挾持了司令，對自衛隊發表演說後在眾目睽睽之下切腹自殺。在三島的背後我看到了溝口的影子，也看到了倒下的金閣寺。雖然我不完全了解及認同三島的行為，但當我讀金閣寺及三島的其他作品時，我總會想到學校裡那一小片美麗的櫻花花海。
